水体为水生生物的繁衍生息提供了基本的场所，各种生物通过物质流和能量流相互联系并维持生命，形成了水生生态系统（aquatic ecosystem）。其构成要素有生产者、消费者、分解者和非生物类物质四类。
非生物类物质是指水、氧气、二氧化碳、氮和磷营养物质等作为生物生长原料的无机物质以及生物排泄物和死体等有机物质。生产者是指利用光能或无机物，合成有机细胞物质的生物，称为一级生产者。水环境中有代表性的生产者是光合自养型的藻类及部分水生植物。
另外利用氧化能的化学合成自养型硝化细菌也属于生产者范畴。消费者是以生产者产生的有机物为食料的异养型生物，称为捕食者。浮游生物、鱼类、哺乳类动物等是典型的消费者，其中直接捕食生产者的称为一级消费者，捕食一级消费者的称为二级消费者，依此类推。
分解者都是异养型生物，如细菌、真菌、放线菌及原生动物和一些小型无脊椎动物。它们分解生物死体和排泄物，使之成为简单的无机物质，供生产者再利用。上述表明，维持生命所必需的物质是在生态系统中循环往复利用的。一般来讲，水体中的生物大致划分为脊椎动物、底栖生物、浮游生物和水生高等植物四大生态类群。
